中西医结合研究所成立于1986年，原名“西安医科大学中西医结合研究所”。是继上海医科大学中西医结合研究所，同济医科大学中西医结合研究所之后，卫生部所属医科大学成立的第三所中西医结合研究所。现任所长为邱根全教授，副所长为第二附属医院李玺教授。
主要研究方向：
（1）脾胃病基础和临床研究
（2）痴呆、中风的基础和临床研究
（3）中风康复研究
主要研究成果：
获得自然科学基金资助项目5项。获得陕西省部级科研项目50项。著作5部，研究论文400多篇。
队伍建设和人才培养：
中西医结合临床硕士点1个；中医内科硕士点1个；中医基础理论硕士点1个。已经培养研究生100余名。
期刊：
1987年本所创办《现代中医》杂志，2002年该刊更名为《医学研究荟萃》杂志，至今已出版51期。

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